El Comité Ejecutivo es el órgano gubernativo superior de la Comisión, quien dictará los parámetros de acción de la Secretaría General de la entidad.

 

El Comité Ejecutivo está integrado por los siguientes miembros:

​​

Ministerio de Educación Pública
Anna Katharinna Müller Castro
Ministerio de Cultura Juventud y Deportes
Patricia Soto Ramos
Ministerio de Ciencia y Tecnología
Eliana Ulate Brenes
Ministerio de Ambiente y Energía
Carmen Roldán Chacón
Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto
Gabriela Castillo García
Comisión Nacional de Rectores
Giselle Chang Vargas
Sociedad Civil
Andrés Stanley Ugalde
Federación de Colegios Profesionales Universitarios de Costa Rica
Paula Brenes Ramírez
Organizaciones Magisteriales
Argery López Rosales

​